Pravilnikom o unutarnjem ustrojstvu i načinu rada CARNET-a, NKS je ustanovljen kao zasebni Sektor Nacionalno koordinacijsko središte za industriju, tehnologiju i istraživanja u području kibernetičke sigurnosti.

Sastoji se od
(1) Službe za stručne poslove NKS-a i
(2) Službe za poslove pružanja financijske potpore Europske unije (trećim stranama).

Voditelja NKS-a bira ravnatelj CARNET-a uz suglasnost Upravljačkog odbora, a za ovaj Sektor to je Pomoćnik ravnatelja. Sektor raspolaže stručnim kadrom koji ima potreban administrativni kapacitet, posjeduje industrijsko, tehnološko i istraživačko stručno znanje u području kibernetičke sigurnosti.